คณะ
1. คณะผลิตกรรมการเกษตร
2. คณะบริหารธุรกิจ
3. คณะวิทยาศาสตร์
4. คณะวิศวกรรมและอุตสาหกรรมเกษตร
5. คณะพัฒนาการท่องเที่ยว
6. คณะศิลปศาสตร์
7. คณะเศรษฐศาสตร์
8. คณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยี
9. คณะเทคโนโลยีการประมงและทรัพยากรทางน้ำ
10. คณะสารสนเทศและการสื่อสาร
11. คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์และการออกแบบสิ่งแวดล้อม
12. คณะพยาบาลศาสตร์
มหาวิทยาลัย
วิทยาเขต
1. มหาวิทยาลัยแม่โจ้-แพร่ เฉลิมพระเกียรติ
2. มหาวิทยาลัยแม่โจ้-ชุมพร
วิทยาลัย
1. วิทยาลัยบริหารศาสตร์
2. วิทยาลัยพลังงานทดแทน
3. วิทยาลัยนานาชาติ
4. คณะสัตวแพทยศาสตร์
สำนัก
1. สำนักวิจัยและส่งเสริมวิชาการการเกษตร
2. สำนักหอสมุด
3. สำนักบริหารและพัฒนาวิชาการ
สำนักงานมหาวิทยาลัย
1. สำนักงานมหาวิทยาลัย
สำนักงานสภามหาวิทยาลัย
หน่วยงานแบบวิสาหกิจ
อื่นๆ